La Universidad desarrolla su acción dentro del régimen de autonomía que le concede la legislación vigente. En tales condiciones, dicta y modifica su Estatuto, dispone de su patrimonio, otorga títulos habilitantes para el ejercicio profesional por los estudios cursados en ella, confiere grados académicos, elige sus autoridades, y nombra y renueva sus profesores y personal de todos los órdenes y jerarquías.
El gobierno de la Universidad es ejercido por la Asamblea Universitaria, el Consejo Superior y el Rectorado.

La Asamblea Universitaria está integrada por el Rector, los miembros de los Consejos Académicos y de los Consejos de Escuela Superior y los miembros del Consejo Superior. El Vicerrector tiene asiento permanente en la Asamblea, con derecho a voz, mientras no reemplace al Rector.

Las principales atribuciones de la Asamblea son: dictar y/o modificar el Estatuto, elegir al Rector y al Vicerrector, decidir la creación de nuevas facultades o la modificación de las existentes.

El Consejo Superior está compuesto por: el Rector, los Decanos de las facultades, los Directores de las Escuelas Superiores y un representante profesor por facultad y escuela superior, un representante alumno por facultad y escuela superior, un representante graduado, por facultad y escuela superior y cuatro representantes del claustro no docente. Por el artículo 15 del mismo Estatuto se establece, además, que mientras no reemplace al Rector, el Vicerrector tiene asiento permanente y derecho a voz en el Consejo Superior.